有機肥發酵設備不但從機器根本轉變造粒過程，還要進行多層次的節能工藝改造，該設備主要由發酵室、上料加料系統、高壓送風系統、主軸傳動系統、液壓動力系統、自動出料系統、除臭系統和自動控制系統組成。工藝流程包含：混料調制上料、好氧發酵、自動放料三個過程。

　　1、混合料上料部分

　　混合部分是將含水率70%左右的糞便或有機廢棄物按規定比例與回流料、生物質、發酵菌混合，調節含水率、密封性等，達到發酵條件。原料含水率在55-65%時，可直接在罐內發酵。

　　2、發酵罐部分

　　該工藝可分為高速加熱階段、高溫階段和冷卻階段。物料進入發酵罐，在好氧菌作用下24-48小時內分解。釋放的熱量使材料溫度升高，一般為50-65℃，有時可達70℃。通過送風曝氣系統，向發酵罐均勻供氧，滿足發酵過程的需氧量，使物料進行發酵分解，高溫階段維持5-7天。當分解速度緩慢下降時，溫度逐漸下降到50℃以下。有機肥發酵設備的整個發酵過程持續7-15天。廢氣和水蒸氣處理后通過除臭系統排出，以減少物料體積，達到物料減量化、穩定化和無害化處理的目的。

　　3、自動送料部分

　　發酵室物料在主軸和重力作用下，經下落發酵后作為有機肥物料排放，含水率不高于30%。

　　隨著現代科學工藝的不斷進步，對有益菌群進行人工篩選、分離和栽培工藝，將有益植物投入到有機肥料中，有機肥發酵設備可生產出多種生物有機肥料，完善土壤質量，減少環境污染，增加肥料利用率等。